| 列车车次 | G539 |
| 列车类型 | 高铁 |
| 始发站点 | 长沙南 |
| 始发时间 | 06:48 |
| 到达站点 | 北海 |
| 到达时间 | 当日13:57 |
| 全程耗时 | 7小时9分钟 |
| 车站 | 到达 | 发车 | 耗时 | |
| 1 | 长沙南 | ---- | 06:48 | 00:00 |
| 2 | 衡山西 | 07:14 | 07:16 | 00:26 |
| 3 | 衡阳东 | 07:29 | 07:31 | 00:41 |
| 4 | 祁阳 | 08:10 | 08:12 | 01:22 |
| 5 | 永州 | 08:28 | 08:32 | 01:40 |
| 6 | 东安东 | 08:47 | 08:49 | 01:59 |
| 7 | 桂林北 | 09:50 | 09:54 | 03:02 |
| 8 | 柳州 | 11:00 | 11:10 | 04:12 |
| 9 | 来宾北 | 11:35 | 11:37 | 04:47 |
| 10 | 宾阳 | 11:57 | 11:59 | 05:09 |
| 11 | 南宁东 | 12:25 | 12:49 | 05:37 |
| 12 | 钦州东 | 13:23 | 13:26 | 06:35 |
| 13 | 北海 | 13:57 | ---- | 07:09 |